Pengurus YBPK-GKJW adalah tim inti yang menggerakkan jalannya organisasi sehari-hari. Mereka melaksanakan keputusan Pembina, merancang program pendidikan, mengatur strategi pengembangan sekolah, serta membina cabang dan unit pendidikan yang ada. Dengan tanggung jawab besar, pengurus tidak hanya bekerja pada tataran administratif, tetapi juga memastikan bahwa nilai-nilai Kristiani benar-benar mewarnai seluruh kebijakan dan praktik pendidikan di lingkungan yayasan.
Selain itu, Pengurus juga menjadi penghubung antara yayasan dengan pemerintah, masyarakat, maupun mitra strategis lainnya. Mereka mengelola sumber daya manusia, keuangan, serta aset yayasan dengan profesionalisme dan akuntabilitas tinggi. Keberadaan pengurus yang berdedikasi menjadikan YBPK-GKJW terus tumbuh relevan di tengah tantangan zaman, menjaga keseimbangan antara kualitas akademik dan pelayanan iman.