Pembina YBPK-GKJW adalah organ tertinggi dalam struktur yayasan yang mewakili Majelis Agung GKJW. Mereka memiliki peran strategis untuk menetapkan arah, memberikan arahan kebijakan umum, serta memastikan setiap langkah pengelolaan YBPK tetap sejalan dengan iman Kristen dan tata gereja. Dengan posisi ini, Pembina menjadi penjaga visi dan identitas yayasan, sehingga seluruh kegiatan pendidikan tidak hanya berfokus pada kualitas akademik, tetapi juga tetap berakar pada pelayanan gereja dan nilai Kristiani.
Selain menetapkan garis besar kebijakan, Pembina juga memiliki kewenangan dalam menunjuk dan mengesahkan pengurus pusat, menyetujui laporan tahunan, serta mengevaluasi jalannya organisasi. Kehadiran Pembina menjamin adanya keseimbangan antara otonomi pengelolaan yayasan dengan koordinasi bersama gereja. Dengan demikian, Pembina YBPK-GKJW dapat disebut sebagai penopang utama yang memastikan keberlanjutan, arah rohani, dan profesionalitas yayasan dalam melayani dunia pendidikan.